※ 「おすすめ」バッジは初期費用・月額料金・機能数・無料プランの有無・EC連携の広さの総合評価で選定しています。
絞り込み条件
在庫管理システム 比較表
| サービス名 | 最安月額 | 初期費用 | 用途 | 無料プラン | バーコード | EC連携 | 公式サイト |
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zaico
おすすめ
汎用クラウド在庫管理アプリ
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無料〜¥9,800/月（税別） | 0円 | 汎用 | あり | 対応 | 限定的 | 公式へ → |
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ロジクラ
おすすめ
EC向け在庫・出荷管理
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無料Liteプラン¥12,800/月〜 | 0円 | EC向け | あり | 対応 | 充実 | 公式へ → |
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GoQSystem
EC向けクラウド一元管理
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無料有料¥15,000〜¥64,800/月 | 0円 | EC向け | あり | 対応 | 充実 | 公式へ → |
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ネクストエンジン
EC一元管理（200機能以上）
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¥3,000/月〜受注件数による従量課金（税別） | 0円 | EC向け | なし | 対応 | 非常に充実 | 公式へ → |
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スマレジ
POS+在庫管理（実店舗向け）
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¥15,400/月〜在庫管理はリテールBPプラン（税込） | 0円 | 実店舗向け | 部分的※ | 対応 | 限定的 | 公式へ → |
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在庫スイートクラウド
中小企業向け汎用在庫管理
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¥10,000/月〜出荷数による従量課金あり（税別） | 0円 | 汎用 | なし | 対応 | 充実 | 公式へ → |
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mylogi
EC物流・アパレル特化型
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¥8,800/月〜Liteプラン（税込）初期費用0円 | 0円 | EC向け | なし | 対応 | 充実 | 公式へ → |
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CROSS MALL
複数ECモール一元管理
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¥5,000/月〜月額定額制（税別） | 0円 | EC向け | なし | 対応 | 充実 | 公式へ → |
※スマレジの無料プラン（スタンダード）はPOSのみ。本格的な在庫管理機能（棚卸・入出庫管理）はリテールビジネスプラン（¥15,400/月）が必要です。
各在庫管理システムの詳細レビュー
zaico — 170,000社が使う汎用クラウド在庫管理アプリ
メリット
- +無料プランがあり小規模から始めやすい
- +スマートフォン・タブレット対応、QR/バーコード読み取り可
- +業種・業態を問わず幅広く対応（倉庫・小売・製造等）
- +直感的なUI、導入コストが低い
デメリット
- -EC一元管理機能はない（受注管理・出荷指示は別途必要）
- -無料プランは登録件数・ユーザー数に制限あり
- -大規模倉庫・製造業向けの高度な機能は弱め
こんな人におすすめ: ECではなく実店舗・倉庫・工場など業種問わず在庫を管理したい中小企業。まずは無料で試してみたい場合に最適。
ロジクラ — EC向け在庫・出荷管理。無料から使える
メリット
- +無料プランで基本機能が永続利用可能
- +Amazon・楽天・ヤフーショッピング等のEC連携が充実
- +バーコード・ハンディターミナル対応で倉庫作業効率化
- +出荷ラベル印刷・複数倉庫管理に対応
デメリット
- -本格利用はLiteプラン（¥12,800/月）以上が必要
- -実店舗向け機能（POSレジ等）はない
- -製造業向けの原材料管理などは非対応
こんな人におすすめ: Amazon・楽天など複数ECモールを運営し、出荷業務を効率化したいネットショップオーナー。まず無料で試してから規模に合わせてアップグレードできる。
GoQSystem — フリープランから始められるEC一元管理
メリット
- +初期費用0円、フリープランで始められる
- +受注件数が増えても月額定額（従量課金なし）
- +主要ECモール・カートとの連携が豊富
- +受注・在庫・出荷・仕入を一元管理
デメリット
- -有料プランは¥15,000〜とやや高め
- -実店舗・倉庫のみの利用には向かない
- -機能が多く初期設定に時間がかかる場合あり
こんな人におすすめ: ECショップを複数運営しており、受注が増えても月額コストを固定したい中規模セラー。受注数増加に比例して費用が上がりたくない場合に有利。
ネクストエンジン — EC業界シェアNo.1クラスの一元管理
メリット
- +200以上の機能で受注・在庫・出荷・仕入を完全一元管理
- +主要EC全モール・カートに対応、外部アプリ連携も豊富
- +基本料金は¥3,000/月と低め（受注件数が少ない間はコスパ高）
- +大規模ECにも対応できるスケーラビリティ
デメリット
- -受注件数が増えると従量課金でコストが上昇
- -機能が多すぎて導入・設定に時間がかかる
- -無料プランなし
こんな人におすすめ: 複数のECモールを本格的に運営している中〜大規模セラー。受注件数が月1,000件以上あり、在庫管理と受注処理の自動化を徹底したい場合に向く。
スマレジ — 実店舗向けPOSレジ+在庫管理の定番
メリット
- +POSレジと在庫管理が一体化、実店舗運営に最適
- +バーコードスキャンで入出庫・棚卸しが簡単
- +複数店舗・拠点の在庫を一元管理可能
- +30日間全プラン無料トライアル
デメリット
- -本格的な在庫管理はリテールビジネスプラン（¥15,400/月）が必要
- -EC連携はShopify等に限定的
- -在庫管理のみ目的なら割高感
こんな人におすすめ: アパレル・飲食・小売などの実店舗オーナーで、POSレジと在庫管理を一つのシステムにまとめたい場合に最適。
在庫スイートクラウド — 中小企業向け汎用在庫管理
メリット
- +製造業・卸売業など業種問わず対応
- +在庫・受発注・出荷・棚卸を一元管理
- +EC連携（Amazon・楽天等）にも対応
- +クラウドなのでどこからでもアクセス可能
デメリット
- -月額¥10,000〜で無料プランなし
- -出荷件数による従量課金で大量出荷時にコスト増
- -UIはやや古め
こんな人におすすめ: 製造・卸・倉庫など実物在庫の入出庫管理を本格的に行いたい中小企業。EC特化ではなく汎用的な在庫管理が必要な場合。
mylogi — アパレル・EC物流に強い倉庫管理システム
メリット
- +多色・多サイズ管理に対応（アパレルに最適）
- +複数倉庫を一つの画面から一元管理
- +ECカート・モールとの直接連携が充実
- +初期費用0円、月払い制で始めやすい
デメリット
- -無料プランなし（¥8,800/月〜）
- -実店舗向け機能は限定的
- -製造・卸など非EC業種には向かない
こんな人におすすめ: アパレルEC・ファッション通販を運営しており、多色展開・多サイズ商品の在庫を正確に管理したい事業者。複数倉庫の一元管理も必要な場合。
CROSS MALL — ¥5,000/月から使える複数モール一元管理
メリット
- +月額¥5,000〜と在庫管理系では最安クラスの有料プラン
- +月額定額制で在庫数・受注数が増えてもコスト固定
- +Amazon・楽天・Yahoo！など主要モールの在庫・受注を一元管理
- +商品情報の一括登録・更新も可能
デメリット
- -無料プランなし
- -実店舗向け機能はない
- -高度な倉庫管理（ロケーション管理等）は他社に劣る
こんな人におすすめ: Amazon・楽天・Yahoo！を同時運営している副業〜中小規模のECセラー。コストを抑えながら複数モールの在庫・受注を一元化したい場合に最もコスパが高い。
まとめ：迷ったらこれを選べ
8サービスを比較した結果、まず試すなら「zaico」が最もおすすめ。無料プランで始められ、業種・規模を問わず導入しやすい。170,000社の導入実績も信頼の根拠になる。
よくある質問
在庫管理システムの月額料金の相場はいくらですか？
無料の在庫管理システムと有料の違いは何ですか？
ECショップ向けにおすすめの在庫管理システムはどれですか？
実店舗の在庫管理には何を使えばいいですか？
在庫管理システム導入で使える補助金はありますか？
関連ツール
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まもなく公開。事前登録受付中。
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